1940年（昭和15年）からは給食が始まりましたが，戦争のためしだいに物資が不足し，満足にできませんでした。
また，1942年（昭和17年）には，防火用の貯水槽をかねたプールがつくられました。空襲が激しくなった1944年（昭和19年）には，プールの白い壁も爆撃から逃れるため黒色に塗り替えられました。
1943年（昭和18年）には，空襲に備えて防空壕が校庭にいくつも掘られました。
このころ，子どもたちは防空頭巾をかぶり，爆弾から身を守ろうとしました。また親元を離れて岐阜県に集団疎開をすることになりました。
しかし，1945年（昭和20年）３月12日の夜，学校はとうとう空襲のため全焼してしまいました。
